La destinazione dei locali non viene definita dall'Agenzia del Territorio ma dal certificato di agibilità rilasciato a suo tempo dal Comune.......
Innanzitutto devi vedere cosa riporta tale certificazione ......poi valutare nella tua regione cosa è necessario fare per il cambio d'uso senza opere (in alcune regione non è necessario fare nulla, in altre una semplice comunicazione, in altre ancora un PDC).....conseguentemente procedere con la variazione catastale per portare la destinazione a rurale....
In futuro, per ritornare all'originaria destinazione, sarà necessario rifare la stessa procedura...... presta attenzione però in quanto, per paradosso, potresti trovarti nella situazione in cui, per intervenute modifiche alle norme di zona, non si possa più ripristinare l'originaria destinazione....