Controlla che i vari parametri dello strumento siano a posto (Dim. pennello, Metodo, Opacità, Flusso, ecc) e ovviamente di non avere livelli "al di sopra" di quello in uso, che coprano l'area su cui stai lavorando.
Verifica anche che non ci sia una selezione attiva.
... e che non sia presente una maschera di livello.
... e di non essere in modalità Maschera Veloce.
Photoshop è un programma troppo complesso per poter dare una risposta semplice ad una domanda semplice