Sì, Archicad funziona così: collega le linee blu (linee di riferimento) degli elementi tra loro, per connetterli.
L'importante è che la linea di riferimento sia posizionata dallo stesso lato per gli elementi che si devono collegare tra loro. Nel tuo caso non si vede dove sta quella del secondo muro perchè in entrambe le foto hai selezionato soltanto un muro.
Se comunque la linea di riferimento l'hai posizionata corretta, allora puoi "fregartene" di come archicad collega gli elementi. Infatti, se ci fai caso, anche se lui li collega in modo a te poco piacevole, non noti niente né in sezione, né in pianta, né in prospetto. E, non solo, gli elementi anche se si intersecano in modo "strano" tra loro, non ci sono sovrapposizioni nel conteggio dei materiali. Per cui, anche se usi strutture composte (che non è il tuo caso) il conteggio materiali sarà corretto anche se l'intersezione tra gli elementi è, come dire, "strana".
Come hai notato, aumentando l'angolo tra i due elementi, l'intersezione diventa "normale".
Ma, ripeto, a te non cambia niente da nessun punto di vista
Robs