Innanzitutto secondo me devi leggere bene il manuale e capire come AC ragiona e gestisce le penne tramite i set di penne.
Considera che ogni modifica che fai ai colori e agli spessori di una penna la devi "salvare" sovrascrivendo il set oppure creandone di nuovi, altrimenti nessuna modifica verrà applicata alla vista (un po' come succede per le combinazioni di lucidi).
Sui set di penne si aprirebbe una discussione enorme e anch'io ricordo che all'inizio dell'uso di Archicad sono stato parecchio fuorviato dal funzionamento dei set e li ho utilizzati male all'inizio senza una formazione adeguata.
Ogni penna di archicad, almeno le prime fino alla numero 180 compresa, hanno una specifica funzione all'interno del programma e sono assegnate a strumenti specifici. Questo per dire che non andrebbero modificate penne a caso senza sapere a che strumento sono assegnate. Se devi creare penne con colori e spessori a tuo piacimento sarebbe il caso di farlo dalla numero 181 in avanti.
Per rispondere alla tua domanda: a ogni penna puoi associare un colore e uno spessore, quando assegni una penna ad un qualsiasi elemento 2D o 3D associ colore e spessore. La bontà di questo sistema è che puoi associare potenzialmente infiniti colori e spessori ad ogni penna, salvando n set di penne a tuo piacimento. Nel senso che la linea di un determinato elemento la puoi visualizzare con un colore e spessore diverso su ogni vista, cambiando semplicemente il set associato alla vista.
Per questo motivo vedrai che ad esempio la penna sezionata dei muri è sempre la n. 27 e questa non dovrebbe mai essere cambiata.