Probabilmente gli elementi sono alla quota giusta, ma sul piano sbagliato. Cioè sono planimetricamente sovrapposti e perfettamente coincidenti, in pianta, agli elementi di un altro piano.
Selezionali tutti, nella finestra 3D, e spostali di una misura precisa. Per esempio di 20 metri a destra. Poi passa alle varie piante e guarda se sono venuti fuori. In questo caso selezionali di nuovo (in panta) poi taglia e incolla al piano giusto. Infine sposta di nuovo (20 metri a sinistra). Comunque resterà ancora da sistemare la quota, che nel frattempo sarà modificata.