A me questo non accade. Se un materiale è presente nella scena lo vedo nel browser dei materiali in uso, indipendentemente dal fatto che sia applicato ad un elemento "sfuso" ad un gruppo/componente o alle facce inserite in un gruppo/componente. E non cambia quando esplodo.
A meno che tu non abbia texture orientate manualmente, che è possibile rendere uniche con un apposito comando.
Prova a eliminare i componenti non usati, e dopo anche i materiali non usati (per mezzo dei comandi presenti nel menu laterale dei relativi browser)
In ogni caso puoi raggruppare i gruppi, per ottenere un gruppo unico, anche senza esploderli.