Ciao;ammetto che non mi sono tanto chiare le tue indicazioni......da quello che ho capito,prima di utilizzare lo strumento clona,duplica il livello su cui stai lavorando e,successivamente,scontorna/cancella le parti che non ti interessano.
Per aiutarci a capire meglio,magari,pubblica delle schermate/immagini dell'oggetto in questione.