io suggerirei l'uso del comando taglio muri con falde al posto delle operazioni boleane così la forma tagliata
data ai muri permane in maniera indipendente anche cancellando o nascondendo le falde.
Questo è da farlo anche sulle falde esistenti che hai messo in demolizione.
Ovviamente per i muri nuovi devi agire con delle falde aggiuntive a quota più bassa per fare poi il taglio ad altezza
corretta quindi evitando così l'ingombro vuoto delle falde demolite.
Per la questione dei fori, invece, nei muri nuovi dovrai inserire dei fori vuoti opportunamente posizionati
per eliminare la parte di muro che i serramenti presenti nei muri esistenti occupano nella parte nuova.
Spero di essere stato abbastanza chiaro.
Ciao