Come dice Jonathan, in presenza di situazioni complesse, con varie falde magari a quote diverse, il sistema più tranquillo è quello di selezionare SOLO le falde che vuoi utilizzare per il taglio, insieme ai SOLI muri che vuoi tagliare.
In alternativa, nel 3D, puoi provare a tagliare da tastiera, facendo CTRL-CLIC sulla parte di muro che sporge dalla falda.