Già... ne avevamo parlato tempo fa. Le operazioni Booleane fra Muri e Travi non funzionano perché entrerebbero in conflitto con la funzione di "priorità intersezione", incorporata in questi strumenti.
Per la semplice "sottrazione", come detto, basta impostare le priorità nella finstra settaggi dei singoli elementi, per la "sottrazione con estrusione superiore", che probabilmente è l'operazione di cui hai bisogno tu, bisogna arrangiarsi un po'. O usi delle falde per tagliare le parti di muri eccedenti, o crei altre travi di spessore superiore (che terrai su un lucido nascosto).