La porta taglia solo uno dei muri...... in questo caso l'ultimo inserito che, molto probabilmente, ha una elevazione più alta rispetto all'altezza della porta......
Devi inserire la porta sul muro di elevazione più bassa...... e dei fori vuoti sui rimanenti muri.....
In questo caso ti consiglio però di utilizzare il profilo complesso in modo da creare un unico muro dove vai a precisare elementi diversi in base all'elevazione....
Prova a fare una ricerca nel forum per vedere l'utilizzo del profilo complesso......