Se trasformi il lucernario in Forma potrai selezionarlo e aggiungerlo alle falde come "operatore", per la sottrazione booleana.
Il foro nella falda resta (Archicad inserisce automaticamente un oggetto "Apertura Lucernario semplice").
Però perdi l'associatività e la possibilità di modificare i parametri dell'oggetto, quindi secondo me l'uso di una doppia falda è da preferire.